Микрофлору сыра можно подразделить на необходимую для их производства и постороннюю. В производстве любого сычужного сыра применяют молочнокислые бактерии.
Они играют главную роль в биотрансформации компонентов молока в вещества, формирующие органолептические показатели сыров, создают условия, подавляющие или ингибирующие размножение в молоке и сырах посторонней микрофлоры. В производстве кисломолочных сыров молочнокислые бактерии выполняют также функцию свертывания молока за счет образования органических кислот.
Кроме молочнокислых бактерий, в производстве отдельных групп сыров принимают участие пропионовокислые бактерии, плесневые грибы, ассоциация аэробных микроорганизмов, получивших название «сырная слизь». Все эти микроорганизмы являются необходимой микрофлорой.
Под вредной микрофлорой понимаются микроорганизмы, попадающие в сыр помимо воли сыроделов и ухудшающие органолептические показатели или показатели безопасности сыров. Микроорганизмы, ухудшающие органолептические показатели, принято называть технически вредной микрофлорой, снижающие показатели безопасности – патогенными микроорганизмами.
Препараты молочнокислых бактерий для производства сыра называют «заквасками» (в толковом словаре Даля приводится термин «сквасье», сейчас вышедший из употребления).