К основным особенностям микробиологических процессов при получении сыров можно отнести следующие.
В производстве сыра большую роль играет не только микрофлора закваски, но и микрофлора сырого молока, которая может участвовать в созревании сыров и вызывать их порчу.
Сыр является более благоприятной средой для развития микроорганизмов, чем масло, но менее благоприятной, чем молоко, так как имеет другое соотношение белка и углеводов. Поэтому при созревании получают преимущества микроорганизмы, способные усваивать белок и продукты его распада как источник энергии.
Распад белка сопровождается образованием щелочных продуктов, которые нейтрализуют накапливающуюся молочную кислоту, т. е. обладают буферными свойствами. Это способствует дальнейшему развитию молочнокислых лактококков (до 200-300°Т, хотя в молоке предельная кислотность 120°Т).
При отделении сыворотки 3/4 микрофлоры остается в сырном зерне, 1/4 переходит в сыворотку (причина - при переходе белка из состояния золя в гель на нем адсорбируются любые посторонние частицы).
Поступление первичной микрофлоры в сыр из внешних источников ограничено коротким периодом: от получения молока на ферме до формования головки сыра на предприятии. Только мягкие сыры, созревающие с участием плесени и/или поверхностной слизи, отличаются от других сыров тем, что на их поверхности развиваются плесени, дрожжи и бактерии уже после формования.